由於課程規劃著重現代生物醫學的紮實訓練與培養獨立進行研究工作（學士論文）的經驗，同學畢業後就業的機會寬廣，包括參與學術研究機構，醫院及生物科技產業的研究發展工作及生技製藥公司市場分析與開發。加入「學碩學程」之學生，可以直接進行研究完成論文工作，即取得碩士學位。如果大四時才決定要繼續進修，則可報考國內外各大學研究所包括本校醫學院之生物醫學研究所，醫學生物技術研究所，中醫學系傳統中醫學碩士班或工學院之生化及生醫工程研究所，可從多項生醫科學領域選擇進修（如生化分子生物，生理藥理，微生物免疫等）之碩、博士學位，完成研究所課業，成為有能力構想開發，擔任生技產業研發工作，也可進入學術單位，擔任教學研究工作。至101學年為止，共有66位同學進入學碩學程學程，3位進入學士學位完成畢業生逕行修讀博士學位學程，留在本校繼續念博士學位者多人，完成博士學位共有4人，赴國外（美國、英國、加拿大和德國）進修者共15人。