本系學生除修習必修課之外，在大二時依學生意向開始選擇一個專業學程，並依本系六大學程分為生物醫學研究組、生醫產業實務組。學生至少必須選擇一個學程修習，也可視能力同時選修多個學程。
生物醫學研究組
本學程目標為培養具有前瞻性及專業知識且能領導國內生物醫學發展之國際化研究人才 ，學生以進入研究所進行生物醫學相關研究為目標。
必修課程特色：
n 加強基礎科目：除原有必修生化四學分外，另必修高等生化2學分。
n 加強研究能力：必修大四專題研究(3)及學士論文。
n 加強英文能力：大四專題討論必須加入外藉教師開授之英文組。
n 加強科學寫作能力：必修科學寫作或英文科學寫作
選修課程特色：
專業選修科目予以學群化，學生可選擇生化學/分子生物學、生理學/藥理學、微生物學/免疫學、發育學/細胞學領域之一做為學程主修，並修畢所選擇學群中三門建議選修科目。
l 發育與幹細胞學程
本學程目標為因應動物模式及幹細胞生物學在現代醫學扮演重要角色，旨於培育發育學與幹細胞應用的專業人才。
必修課程特色：
生醫系原有之生物化學、分子生物學、細胞生物學及遺傳學等。
選修課程特色：
包含生醫系、生技系、生物醫學研究所等各項與發育工程、組織工程相關課程。
l 健康老化研究學程
本學程目標為培養健康促進與延緩老化相關研究的專業人才。
必修課程特色：
生醫系原有之生物化學、生理學、細胞生物學。
選修課程特色：
包含生醫系、生技系、護理系、物治系等等各項與高齡醫學、運動與健康等相關課程。
生醫產業實務組
l 生物科技產業學程
本學程目標為理論與實務結合，讓學生除了學習本系專業基礎研究學科之外，有機會接觸與生技產業相關的資訊，利用本學成與產業的結合，培育生技醫藥界所需要的生物科技專業人才。
必修課程特色：
除生醫系原有之生物化學、有機化學課程之外，另必需至少選修商用英文或生物科技產業專業英文。
選修課程特色：
n 包含生醫系與生技產業碩士學程等各項與生物科技管理、智慧財產權、創新與創業等相關課程。
n 可申請生技公司實習課程。
l 生物科技管理學程
本學程為本系與長庚管理學院共同規劃之跨系學程，希望以長庚管理學院於醫療管理、企業管理及資訊管理的基礎，培養跨領域專長學生，以符合社會變遷的脈動及產業的需求。
選修課程特色：
n 包含生醫系、 生技系、醫管系、資工系、資管系健康照護與
n 生物科技產業學院等各項與生物技術、智慧財產權、及生物資訊等相關課程。
n 必須分別於生物科技知識領域、生物科技管理與產業領域及資訊應用領域修習一至四門課程。
l 臨床試驗研究學程
本學程目標為培養臨床試驗產業專門人才，目前為國內唯一設置之臨床試驗研究學程。藉由統合與規劃醫學院各系所目前已開設的課程，加上配合「臨床醫學研究所」新開授的多項課程，以培育國內在相關產業所需的臨床研究人才與人力。
必修課程特色：
必修基礎課程包含生醫系原有之生物統計學、藥理學、生物化學等課程、以及其他各系開設之研究方法、流行病學、生醫工程等課程。
選修課程特色：
全為臨床醫學研究所開設之臨床試驗概論、臨床研究管理、臨床試驗資料處理實務、臨床試驗專題研究、試驗設計學、藥物流行病學與醫療科技評估、進階臨床試驗等課程。
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